2. 재료 및 방법

2.1 천연 화합물의 선택 및 준비

본 연구에서는 항바이러스 특성이 입증된 세 가지 천연 화합물인 케르세틴, 레스베라트롤, 베르베린을 선정하였다. 케르세틴은 다양한 과일과 채소에서 발견되는 플라보노이드로, 바이러스 복제를 억제하는 것으로 알려져 있다. 포도와 베리류에 함유된 폴리페놀인 레스베라트롤은 항염증 및 항산화 작용을 통해 항바이러스 활성을 나타낸다[ 13 ]. 여러 식물에서 추출되는 알칼로이드인 베르베린은 바이러스 침입 및 복제 과정을 저해하는 효과가 입증되었다[ 17 ]. 이들 화합물의 화학 구조는 PubChem 데이터베이스에서 SDF 형식으로 검색하여 MMFF94 힘장을 사용하여 에너지 최소화를 수행하여 정확한 결합 길이, 각도 및 형태를 확보하였다. 최적화된 구조는 OpenBabel을 사용하여 PDBQT 형식으로 변환하여 후속 분자 도킹 연구에 사용하였다[ 21 ].

2.2 단백질 준비

니파 바이러스 F0 당단백질(F 단백질)의 결정 구조는 단백질 데이터 뱅크(PDB ID: 8DNG )에서 얻었습니다. 이 구조는 분자 도킹 및 시뮬레이션 연구를 위해 물 분자 및 이종 원자와 같은 불필요한 분자를 제거하여 준비했습니다. 둘째, 수소 결합 네트워크를 최적화하여 정확한 도킹 결과를 확보하기 위해 수소 원자를 추가하고, 구조적 정확성을 보장하기 위해 올바른 결합 차수를 지정했습니다. 셋째, 결합 방향과 측쇄 형태를 최적화했으며, 마지막으로 OPLS3e 힘장을 사용하여 단백질 구조의 에너지를 최소화하여 도킹 연구에 적합한 안정적인 형태를 얻었습니다.